细菌是引起脓尿的主要原因以杆菌最常见，大肠埃希菌占60％－80％，其次为副大肠杆菌变形杆菌、葡萄球菌、粪链球菌产碱杆菌、产气杆菌。复杂性肾盂肾炎常见绿脓杆菌少数情况两种或两种以上细菌同时感染称混合感染。除细菌外，霉菌原虫（丝虫）、埃及血吸虫、滴虫包虫、巨病毒（儿童易出现）等。结核杆菌引起的泌尿系统结核虽为细菌感染但临床表现特殊．治疗转归与一般细菌感染有很大差别不列为本节内容。
