先天性尿道瘘其发生原因可能有：
①胚胎发育期间第5周以后，尿生殖皱襞未能将直肠与尿生殖膈分开，使尿道与直肠(男)或阴道(女)相通，从而发生尿道直肠瘘(男)或尿道阴道瘘(女)。前者常伴有先天性直肠远端闭锁。
②尿道下裂。
③重复尿道。
后天性尿道瘘的发生原因为：
①尿道损伤，如战伤、车祸、工伤事故时的尿道损伤，尤见骨盆骨折时伴有的后尿道损伤，以及尿道球部的骑跨伤。
②盆腔、阴道前壁或尿道的手术、器械操作及尿道内结石、异物所致的尿道内损伤。
③分娩或难产所致的尿道或阴道前壁的缺损。
④尿道或阴道前壁、子宫颈的恶性肿瘤以及放射性治疗。
⑤尿道结核、淋病、尿道周围脓肿、会阴部脓肿、尿道憩室、尿道腺体的感染等直接溃破，或致尿道狭窄，发生尿流梗阻而继发感染后向尿道外突破，
⑥阴茎部线扎或金属环造成局部组织坏死。⑦长期留置导尿时位置不当，或向下肢端牵引导尿管，压迫阴茎阴囊交界处尿道而致坏死、继发感染等。