急性前列腺炎和急性肾盂肾炎的临床症状大体相似，都表现有全身的感染中毒症状如高热、寒战，以及腰痛、尿频、尿急、尿痛等症状；均有血中白细胞总数明显升高，尿中白细胞增多等。临床上很难区别，没有经验的医师，也非常容易将这两个病混为一谈。若多加分析，实际上这两个病是比较容易鉴别的。主要区别点有：
(1)急性肾盂肾炎多见于女性，男性极少见，这是因为女性尿道短，细菌很容易通过逆行感染至上尿路。而男性的尿道较长，逆行感染的机会极少。且男性的前列腺分泌液中有防御外来感染的抗菌物质，由于不断的分泌至尿道，使尿道处于无菌状态。
(2)这两个病虽然都有腰痛，但急性肾盂肾炎导致的腰痛多为一侧肾区，且叩击痛明显。而急性前列腺炎引起的腰痛多为腰骶部中央，肾区无叩痛。
(3) 急性前列腺炎病人前列腺液中可见大量脓细胞，而急性肾盂肾炎病人主要为尿液性质的改变。