慢性前列腺炎的病因学十分复杂，尽管对其众多的发病机制有了相当程度的认识，但均没有突破性进展。目前认为慢性前列腺炎可能是由于前列腺及其周围组织器官、肌肉和神经的原发性或继发性疾病，甚至于在这些疾病已经治愈或彻底根除后，它（们）所造成的损害与病理改变仍然在独立地持续起作用，其病因的中心可能是感染、炎症和异常的盆底神经肌肉活动的共同作用。因此不能片面地强调某一因素的作用，任何单一器官或单一的发病机制都不可能合理解释前列腺炎的众多复杂的临床表现，而往往是多种因素通过不同的机制共同作用的结果，其中可能有一种或几种起关键作用。慢性前列腺炎的发生可能也与遗传易感性有关，并确实存在一些慢性前列腺炎患者与健康男性遗传差异的证据。深入研究慢性前列腺炎的某些遗传特性的改变可能发现慢性前列腺炎易感的原因，揭示前列腺炎的某些发病机制，预测前列腺炎的预后，为个体化治疗前列腺炎提供依据，并为寻找某个（些）特异的基因表达改变或异常，进行前列腺炎的基因预防与治疗奠定基础。
　　前列腺炎患者前列腺液中常常可以出现某些细胞因子水平的变化，例如白细胞介素1β（IL-1β）、肿瘤坏死因子α（TNFα）、IL-6、IL-8、IL-10等，且其表达与症状及治疗反应均有一定的相关性，表明免疫反应参与了慢性前列腺炎的发病机制，并为免疫治疗前列腺炎奠定了基础。前列腺的炎症性改变，必然伴随着局部解剖结构和功能的改变，或者慢性前列腺炎本身就是由于局部解剖结构和功能变化的结果。盆底肌肉功能异常以及局部物理损伤、长期充血、尿道狭窄、精阜肥大、前列腺肿瘤、良性前列腺增生、射精管口阻塞、膀胱颈肥大等后尿道的解剖结构异常，可以诱发局部的细菌感染、盆底神经肌肉紧张、前列腺内的尿液返流等不利因素，而这些均是造成局部疼痛和炎症反应的重要因素。