阴茎异常比较多见，以先天畸形为主，现简述如下： 
    (1)包茎：正常男子的阴茎皮肤较薄，近阴茎头部的皮肤向内反折成双层，覆于阴茎上，称为包皮。若包皮口狭小，紧包阴茎头不能将包皮向上翻转而显露阴茎头时称为包茎。小儿出生时包皮与阴茎头之间存在粘连称为先天性包茎。还有一种后天性包茎是继发于阴茎头包皮炎，包皮口形成瘢痕性挛缩所致。
    (2)隐匿阴茎：是指耻骨部脂肪过多，而附着于阴茎体的阴茎皮肤不足，以致阴茎隐匿于耻骨部的皮肤中。本病可能同时合并阴茎头型尿道上裂，此时隔着阴茎皮肤可触及阴茎背侧的尿道沟。
    (3)阴茎阴囊转位：又称阴茎前阴囊。是阴囊长到了阴茎前面，因并发其他严重畸形多不能存活，故临床罕见。完全性阴囊转位不多见，部分阴茎阴囊转位者常伴发尿道下裂。
    (4)阴茎扭转：从阴茎的解剖结构可知，阴茎由背侧的两个阴茎海绵体和腹侧正中的一个尿道海绵体组成，在发育过程中，若阴茎海绵体发育不对称时，就发生了阴茎扭转，其扭转的程度由阴茎海绵体发育不平衡程度决定。
    (5)蹼状阴茎：即从阴囊有一条薄的皮肤延续到阴茎腹侧，出现阴茎阴囊融合的情况。
    (6)重复阴茎：包括分叉形阴茎，完全重复阴茎及另有一异位阴茎三种情况，以分叉形阴茎发生率为高。重复阴茎可仅限于阴茎头或包括全阴茎体。
    (7)无阴茎：患者天生未长阴茎，尿道开在会阴、肛门附近甚至直肠内。本病十分罕见，约200万个新生男孩中有一例。
    (8)大阴茎：顾名思义，与同年龄的人比较阴茎过大，称大阴茎。一般来说，正常成人阴茎7～10厘米，勃起时可增大一倍。本病多发生于青春期早熟，先天性痴呆，侏儒症，垂体功能亢进及肾上腺功能亢进者。
    (9)小阴茎：正常男性新生儿阴茎长度平均为3.5～7厘米，而小阴茎多不足1厘米，进入青春期，男性小阴茎呈儿童型。
    (10)先天性阴茎弯曲：是由于位于阴茎腹侧的尿道海绵体变短，使阴茎弯向腹侧。