尖锐湿疣病毒进入体内后，很快形成病毒细胞核组织，细胞核变大破裂长出疣体，形成根部。所以一般药物激光、碳化、冷冻、手术、抹药很难将疣体根部扩散，病毒清除干净，反之，使疣体一个根部变成多个根。 医生缺乏耐心、细致和经验不足，有的湿疣小的几乎看不见，有的湿疣长在特别隐蔽的地方，容易被遗漏，这些都直接造成病毒死灰复燃，甚至忽视体内皮肤里层病毒细胞核的存在，导致再次复发的原因。 用药不当造成体内病毒没除干净或产生耐药性，（目前国内所有的干扰素、白介素、转移因子、阿昔洛韦等都只能病毒发展，但永远不能根除）。 患者体质差，免疫力下降，有好多自身有糖尿病、肝炎或经常感冒等。这一类体制差同时缓湿疣的患者，在治疗时没有完善的方案不配合大夫的治疗，很容易复发。 再次交叉感染；夫妻一方治愈而另一方是亚临床感染或病毒携带者，经过接触导致复发。
