非淋菌性尿道炎是指由性接触而传染的尿道炎，非淋菌性尿道炎的主要病原体为沙眼衣原体，其次为支原体，其它病原体还包括阴道滴虫、单纯疱疹病毒、白色念珠菌、阴道嗜血杆菌及包皮杆菌等。

衣原体：呈球形，可用姬姆萨染色，不能用革兰氏染色，在微生物中的性状界于立克次体和病毒之间。感染人体后，衣原体在易感细胞内繁殖，抑制宿主细胞代谢，溶解破坏细胞，其代谢产物有内毒素作用和引起变态反应。

支原体：是最小最简单的独立生活的原核生物。感染人体后，通过粘附于宿主细胞的受体上，引起细胞膜损伤或由于代谢产物产生毒性作用。